5436 Sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanunun 15 inci maddesinde belirtilen kamu idarelerinde Strateji Geliştirme Daire Başkanlıkları kurulmuştur. Söz konusu Kanun gereğince, anılan Kanunun 15. maddesinde sayılan görevler ile 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanununun 5436 sayılı Kanun ile değişik 60 inci maddesinde belirtilen görevleri yürütmek üzere, Enstitümüzde Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı 01/01/2006 tarihi itibariyle kurulmuştur.